vc está usando os recursos nativos do Excel para buscar dados parametrizados, ou seja executar alguma consulta específica numa base mysql... certo?

Eu não passei por isso de o Excel travar. Mas eu verificaria duas coisas:

1) O uso de memória. O Excel 32bits dificilmente aguenta mais de 1GB de memória RAM. Ele trava e crasha e fecha logo após 1GB. Use o gerenciador de tarefas para essa análise.

2) A quantidade de dados recuperados da base. Apesar de o Excel ter 1milhão de linhas, ele não consegue trabalhar com todas elas, ele fica muito lento se seus dados ocuparem muito espaço.

Ai que está o problema, quando eu faço todo esse processo ele roda!
Mas quando eu SALVO e ABRE de novo o arquivo, qualquer ação que eu faça no excel, como buscar novamente os dados ou até mesmo SALVAR, ele da crash.

Bom, eu não sei como te ajudar... então vou sugerir coisas que podem parecer sem sentido... mas lá vai..

Atualize seu Excel até não haver mais atualizações disponíveis
Se o problema persistir, desinstale o Office e religue o computador e reinstale o Office

Se o problema persistir, o único jeito de tentar ajudar é se eu conseguir replicar aqui o problema e tentar encontrar soluções... Mas pra isso vc teria que me mandar o sistema inteiro, inclusive a base e tal...
Uma alternativa, se vc tiver em São Paulo, é eu ir até você e tentar fazer isso pessoalmente... MAS, daí é claro, é trabalho e perde-se o foco do forum que é ajuda gratuita sem fins lucrativos. Se eu for te fornecer consultoria, eu vou cobrar visita e o servio caso eu corrija o problema...

Desculpe não poder faser mais nada... Vamos esperar outros membros, de repente alguém tem ideia melhor...