Daniel,

quando você fala em

transformar em um programa próprio, com interface gráfica etc,

, não sei extamente em que você está pensando... seria, por exemplo, um programa feito em uma linguagem voltada para desktop como C#, C++, C, Delphi ou Visual Basic? Ou seria algo a ser elaborado em uma linguagem mais voltada ao desenvolvimento para aplicativos da Internet/Intranet, como Java, PHP, VB.Net, etc?

Pela descrição da sua mensagem, creio que vocês já devem ter um programa muito bem montado e funcional no próprio Excel (com formulários de tela, controles, procedures e funções próprias e com armazenamento dos dados no Access). Ou seja, vocês estão utilizando o Excel como front end e o Access como back end, da mesma forma que uma aplicação comercial faz. Utiliza uma interface com o usuário (desenvolvida em uma linguagem qualquer - font end) e armazena seus dados em um SGBD - Sistema de Gerenciamento de Banco de Dados, como o SQL Server, Oracle, DB2, MySql, Postgree, etc (back end).

Se já tiverem o sistema pronto e ele não está mais conseguindo atender as necessidades da empresa, vocês realmente devem partir para o desenvolvimento de um software próprio. Quanto a migração dos dados do Access para uma nova base de dados (mais robusta e à prova de erros), isso é perfeitamente possível. O próprio Access tem como fazer a expostação dos dados. Os SGBD's mais conhecidos também possuem rotinas próprias para importação de bases de dados nos diversos formatos existentes no mercado.