Pessoal, achei um jeito de resolver meu problema.

Caso vocês achem que pode dar algum problema ou que existe algum meio melhor, me avisem.

Como a ferramenta abre em uma nova Instância, eu fiz o seguinte. Após ela abrir eu uso a função abaixo:

Private Sub Workbook_Open()
      Application.DisplayAlerts=False
      Application.ShowWindowsInTaskbar = False
      Application.IgnoreRemoteRequests = True
End Sub

E quando for encerrar utilizo o de baixo (O encerramento da planilha fica no próprio Userform):

Private Sub UserForm_QueryClose(Cancel As Integer, CloseMode As Integer)

Dim Resultado As VbMsgBoxResult
    Resultado = MsgBox("Deseja realmente sair?", vbQuestion + vbYesNo, TitleWork)

    If Resultado = vbNo Then Cancel = True: Exit Sub
    Application.DisplayAlerts = False
    Application.ShowWindowsInTaskbar = True
    Application.IgnoreRemoteRequests = False
    Application.Quit
    
End Sub

Com isso conseguir resolver meu problema!