não sei se eu entendi direito, mas:

até onde sei, você sempre tem uma célula ativa na planilha. nesse caso, vc poderia mudar a seleção ao clicar no botão fechar com o comando de seleção:

Range("A1").Select

ou

Range("A1").Activate

Se não for isso, explica melhor do que se trata.

Criei uma janela com varios checkbox, quando eu clico em fechar, volta para a planilha, mas sem fechar a planilha e clicando no botão inicar registro abre a janela e as seleções que fiz não ficam desmarcadas, fica tudo como deixei da última vez.

vc tá usando o

UserForm.Hide

? Se for mude para

Unload UserForm