Boa noite,

Da maneira que você descreveu o código ficaria assim:

Sub Marcar_S_N()
    Dim i As Long
    
    For i = 100 To 1000
        If Cells(i, "D").Value <> "" Or Cells(i, "D").Value <> "Ponto 1" Then
            Cells(i, "C").Value = "S"
        End If
    Next
End Sub

No entanto, desta maneira, a macro irá marcar "S" em toda a coluna "C".
Acho que o código abaixo faz o que você quer:

Sub Marcar_S_N()
    Dim i As Long
    
    For i = 100 To 1000
        If Cells(i, "D").Value <> "" And Cells(i, "D").Value <> "Ponto 1" Then
            Cells(i, "C").Value = "S"
        End If
    Next
End Sub

Como você não estabeleceu limite coloquei 1000 como linha final.

Abraço

Exatamente o segundo caso.
Porem devido a mais alguns dados da coluna D preciso o seguinte :
If Cells(i, "D").Value <> "" And Cells(i, "D").Value = VALOR NUMÉRICO then ....

Ah o valor numérico sempre vai ser numero inteiro, não sei se altera algo.

alguma dica?

Experimente assim:
If IsNumeric(Cells(i, "D")) And Cells(i, "D") <> "" Then

Muito obrigado a todos pela colaboração