o paradigma do seu código não estava bom, comparava apenas os CNPJ das colunas B e J estando na mesma linha. Se o CNPJ da coluna B estiver em uma linha diferente na coluna J não encontraria e a partir dai não acharia mais nada. Fiz um rascunho pra marcar OK quando achar, pode prosseguir deste ponto:

Planilha1.Activate
For n = 2 To 180
    For y = 2 To 170
        If Cells(n, 2) = Cells(y, 10) Then
            Cells(y, 11) = "ok"
        End If
    Next
Next

obr raygsson, resolveu meu problema.

@cimerio apesar de ja ter tido uma resposta que ajudou, segue uma outra alternativa, eu ia postar no dia que vi, mas esse post sumiu e agora reapareceu.

O que ela faz, ao ser executada será listado na coluna C todos os valores da Lista1 que não constam na Lista2 e vice e versa, então antes de executar veja se as colunas C e K não contem nenhum dado porque serão substituídos.

Option Explicit

Sub ValoresUnicos()
Dim rngCell As Range
Dim LinhaFinal
Dim rngCellB As Range
Dim rngCellJ As Range

LinhaFinal = Worksheets("Planilha1").Range("B1048576").End(xlUp).Row

Set rngCellB = Range("B2" & ":B" & LinhaFinal)
Set rngCellJ = Range("J2" & ":J" & LinhaFinal)

For Each rngCell In rngCellB
If WorksheetFunction.CountIf(rngCellJ, rngCell) = 0 Then
Range("C" & Rows.Count).End(xlUp).Offset(1) = rngCell
End If
Next

For Each rngCell In rngCellJ
If WorksheetFunction.CountIf(rngCellB, rngCell) = 0 Then
Range("K" & Rows.Count).End(xlUp).Offset(1) = rngCell
End If
Next

End Sub

Mauro Coutinho