Sugiro que vá postando as dúvidas conforme alcança outras.

Este tipo de trabalho demanda muito tempo e é difícil para começar algo do zero sem ter uma referência.

Comece pelo o que é mais importante para a loja, o recebimento!
* Como esse dinheiro entraria no caixa e pra onde ele seria direcionado? (Banco, Aplicação ou Caixa mesmo)
* Controle de estoques. (baixa de estoques vendidos e inclusão de novas mercadorias em aquisição).

Depois pense nas ampliações
* Cadastro de Clientes.
* Cadastro de Fornecedores.
* Controle de pagamento de dívidas à curto e longo prazo.
* Plano de Investimentos/Crescimento.
* Balanço Patrimonial...
...
...

Passo-a-passo!

Espero que tenha ajudado de alguma forma.