@gmribeiro, faça uma tentativa indo na Central de Confiabilidade (Arquivo > Opções) e marcando em "Documentos Confiáveis" a opção "Permitir que os documentos em uma rede sejam confiáveis".

Mais abaixo, sob "Conteúdo Externo", verifique também como está marcada a opção para "Configurações de Segurança para Tipos de Dados Vinculados".

Postado por: @gmribeiro

...Se eu abro a planilha secundária primeiro e em seguida a outra, a planilha secundária perde as referências e exibe o erro #REF!. Se inverto a ordem de abertura, não dá erro.

Também em Arquivo > Opções, na seção "Avançado", role até o tópico "Ao calcular esta pasta de trabalho" e atente para como estão configuradas as opções "Atualizar vínculos com outros documentos" e "Salvar valores dos vínculos externos".

Olá @edsonbr, em ambas as planilhas estão marcadas as opções "Permitir que os documentos em uma rede sejam confiáveis", "Avisar ao usuário sobre Tipos de Dados Vinculados", "Atualizar vínculos com outros documentos" e "Salvar valores dos vínculos externos". Devo alterar alguma? Obrigada!

@edsonbr boa tarde, se puder me auxiliar eu agradeço!

Postado por: @gmribeiro

...Devo alterar alguma?

Não, @gmribeiro. Da maneira que está configurada estaria adequado ao que pretende.

Faça mais algumas alterações indo em Arquivo > Opções > Central de Confiabilidade > Configurações da Central de Confiabilidade > Locais Confiáveis:

• Deixe marcada a opção "Permitir Locais Confiáveis na minha rede...";
• Clique no botão "Adicionar novo local confiável..." e na caixa "Caminho", insira o local onde estão os arquivos de sua rede, procurando usar a notação UNC (p. ex. \\SERVIDOR\PastaCompartilhadaRaiz\NossosArquivos\) e não de unidade mapeada;
• Se também estiverem em subpastas daquela, marque a opção "As subpastas deste local também são confiáveis".

@edsonbr fiz o que indicou e continua da mesma forma, perdendo as referências. Tentei alterar também os vínculos das fórmulas para o formato UNC, porém ele é atualizado automaticamente para o caminho Y:
Acho que não vai ter muita saída a não ser não abrir as duas planilhas ao mesmo tempo.
Obrigada.

Sem verificar o problema in loco, infelizmente esgotaram-se minhas alternativas para tentar solucioná-lo. Talvez alguma diretiva de segurança ou de privilégio de acesso às pastas da rede... 🤔  

Desculpe não poder ajudá-la mais em relação a isso.