Louis,

isso acontece porque, como a porcentagem tem a base 100, o cálculo, em uma regra de 3, seria:

A1/B1*100

Quando vc configura a célula para porcentagem, o excel automaticamente já insere os "100" no cálculo.

Faça o teste: formate a célula com o cálculo para número, e depois para porcentagem e veja que o valor que vc vê sofre essa alteração.

A solução é dividir tudo por 100:

A1/B1/100

A1/C1/100

[]