A primeira tem duas soluções uma e a melhor, embora mais complexa, é usar um range dinamico, a segunda é usar o fitro da propria TD onde esta selecionado vazio e desmarcar.

A segunda eu realmente não entendi.

Olá Fabrício,

Preencher células manualmente com uma cor para subsidiar a análise de informação é perigoso se pretende usar recursos do Excel para realizar a análise, pois o usuário pode escolher cores com tonalidades bem parecidas( idênticas aos nossos olhos, por exemplo 2 azuis ) mas que para o computador a codificação é diferente.
Minha sugestão é que seja digitado algum caractere na célula ( exemplo B = bom - pintar de azul , R =ruim - pinta de vermelho, etc ) e ser atribuída a cor desejada pela "formatação condicional", assim você teria a planilha pintada de forma padronizada, e os caracteres digitados podem ser utilizados para gerar a tabela dinâmica.