Proteja as células onde estão os vínculos. Comigo funciona. Tenho planilhas assim também e assim consigo fechar as planilhas "fora de ordem" para que isso não aconteça
Outra forma é usar uma pasta de trabalho única, copie as todas as planilhas para mesma pasta de trabalho, se não me engano os vínculos não se perdem. (faça em uma base teste)
Espero ter ajudado.

Problema é que quando protejo as Células não consigo fazer o filtro nem macro!!
Estou testando a função "Proteger a Estrutura da Pasta de Trabalho" sei que não tem muito nexo, mas aparentemente ele bloqueia atualização de vínculos se você abrir somente a Planilha "A" !
Vou fazer alguns testes por um tempo.
Se der certo venho daqui alguns dias fechar o tópico.

Outra ideia ou dica (se possível),

Se você por algum motivo não pode "divulgar todas planilhas em um arquivo único", faça a pasta de trabalho em um arquivo único, e faça outras planilhas com vinculo desta, assim você terá a pasta de trabalho para "trabalho" e as outras de consulta somente.

É não deu certo ! Problema não é divulgar, problema é que os arquivos de origem são importados do meu sistema e vem em .CSV!! São vários arquivos que junto em uma planilha só.
Mesmo se passo todos arquivos de origem para um outro PC, o vinculo sai errado.
Se eu não abro os vínculos, ele some alguns dados quando faço o filtro.

Estou com esse mesmo problema.. Conseguiu resolver??

Resolvi mas não pelo Excel !

Eu compartilhei uma pasta na rede para todos os computadores.
Depois fui em "Mapear Unidade de Rede" e deixei em todos os computadores a pasta com a mesma Letra Ex: "Z:"
Assim em todos os computadores os arquivos ficaram com o mesmo local de destino!
Ai não deu mais o problema.

Então, no meu caso, funcionaria do jeito parecido com o teu.. Eu disponibilizaria esta planilha em uma pasta da rede, e a planilha que buscaria estes dados estaria no PC de algumas pessoas com acesso a rede.. Só que me aparece o mesmo erro, estes dados não são buscados quando a planilha esta fechada..
Me falaram aqui no fórum que algumas fórmulas não buscam os valores quando a planilha vinculada está fechada.. Mas estou me utilizando da mesma fórmula que você, O PROCV com algumas outras.. DESLOC e CORRESP..

=/

É o que eu fiz foi disponibilizar os arquivos de origem tb na pasta !!
Não adianta quando vocês faz o filtro, o excel filtra errado ou desaparecem dados.