Veja se isso te ajuda

  
 With wsAtiva.Range("F" & Linha)
      If wsAtiva.Range("D" & Linha).Value <= Range("D9") Then
            .Value = "VENCIDO"
        Else
            .Value = "PAGO"
          End If
 End With

   With wsAtiva
 If .Range("D" & Linha).Value <= .Range("D9").value Then
        .Range("F" & Linha).Value = "VENCIDO"
        Else
            .Range("F" & Linha).Value = "PAGO"
        
    End If
End With

Veja se isso te ajuda

  
 With wsAtiva.Range("F" & Linha)
      If wsAtiva.Range("D" & Linha).Value <= Range("D9") Then
            .Value = "VENCIDO"
        Else
            .Value = "PAGO"
          End If
 End With

Desse modo tem que inverter

            .Value = "PAGO"
        Else
            .Value = "VENCIDO"

Correto ?

Todas as respostas foram baseadas no código que você postou.
Só você conhece o projeto.
É só você testar e ver qual resultado está de acordo com o que você deseja.
Se o resultado estiver invertido, inverta no código.
Caso contrário, deixe o código como está.
Se precisar inverter, é porque o seu código estava invertido, não porque alguém respondeu de modo invertido.

É que pelo código do Syrax não precisou inverter !
Testei e precisou inverter !
Fechado !

Marque como resolvido na parte que resolveu sua dúvida.

É que pelo código do Syrax não precisou inverter !
Testei e precisou inverter !
Fechado !

vonzuben como o klarc28 disse, só você sabe o projeto, se está invertido mas resolve o problema, isso é uma coisa simples que não precisaria nem explicar, se você conhece o seu código e só precisou inverter, não precisaria nem perguntar
se era pra inverter o não, já que é uma coisa básica se você já conhece o VBA