O "erro" não está no Código, mas sim no tipo de dado que é interpretado.
Um combo (ou txtbox), passa por Defaut o valor como String (texto), e o excel/vba "tenta" interpretar o dado que recebe da celula e atribuir-lhe o tipo.
Para a primeira vc teve sucesso, pois o valor da celula, como e mesclado letra e numero e interpretado como string, potanto na compáração de string Vs string (valor celula Vs valor combo) e "localizada" a combinação.
Já na segunda, o valor interpretado oriundo da celula é NUMERICO, e qdo compara string Vs Numerico o resultado não é localizado.
Para contornar voce pode utilizar as funções de conversão:
If CStr(Sheets("sap").Cells(linha, 2)) = CStr(cmb2) Then

Muito obrigado Reinaldo, funcionou perfeitamente!

outro suporte por gentileza..

Na minha cmb1 não aparece todas as referências que estão na planilha... será que seria erro de código também?

por exemplo eu tenho na minha planilha o codigo 98083 que pertence a nota 15613, porém na minha cmb1 não aparece o a referência 98083.

Anexo a planilha.

Os valores em sua combo são carregados à partir da planilha nome-->Base e a sinataxe utilizada: Do Until Sheets("base").Cells(linha, 1) = "".
Na celua 35 da palnilha base não há valor, então o processamento e parado, e os dados depois disso não são considerados.
Ordene essa coluna ou utilize outro metodo para o carregamento dos valores iniciais.

então Reinaldo... organizei a coluna mas infelizmente continua dando erro...

não sei porque a minha referencia 98083 não aparece na minha cmb1.

pode me ajudar?