Boa noite, vonzuben

Isso está acontecendo pq vc tá dando um Exit Sub antes de chegar na linha que chama a macro para proteger a planilha. Então, para resolver, basta vc inserir a "Call Protege" antes do Exit Sub. Assim:

If UltL < 12 Then
        OutPut = MsgBox("Não possui linh(a)s para resetar !", vbCritical, "Plan - Resetar")
        Call Protege
        Exit Sub
    End If

Abs!

Se deixar assim ao apagar as linhas desbloquea, pois fiz assim

Call Desprotege
código aqui ....
If UltL < 12 Then
        Call Desprotege
        OutPut = MsgBox("Não possui linh(a)s para resetar !", vbCritical, "Plan - Resetar")
        Call Protege
        Exit Sub
    End If
código aqui ....
Call Protege