Boa tarde!!

Infelizmente você não vai conseguir (até a versão 2010 assim eu penso), filtrar por cor (usando DUAS cores diferentes) por meio do operador

Operator:=xlFilterCellColor

Talvez isso lhe ajude ater uma ideia...

Dim cel As Range
    For Each cel In Range("E5:E" & Range("E" & Rows.Count).End(xlUp).Row).SpecialCells(xlCellTypeVisible)
        If Not cel.Interior.Color = vbRed Or cel.Interior.Color = vbGreen Then
            cel.EntireRow.Hidden = True
        End If
    Next cel

Att

Muito obrigado !
Alguem mais tem alguma sugestao?