Olá Rafael!
Isso acontece porque quando se mescla um intervalo, apenas a primeira célula é que se mantém com valor, as outras células assumem o valor vazio.
Para remediar a situação eu vejo duas soluções:
1ª) Criar uma coluna auxiliar sem mesclagem e cadastrar nas células os valores desejados para cada linha.
2ª) Desenvolver uma fórmula matricial que vai entender que quando o valor da coluna A for vazio, ela deve olhar o último valor disponível acima. Neste caso, a fórmula a ser aplicada na sua planilha na célula D7 pode ser:

=SE(E($C7=Plan2!$B$3;SE($A7="";INDIRETO("A"&MÁXIMO(SE($A$7:A7<>"";LIN($A$7:A7);"")));$A7)=Plan2!$C$3);MÁXIMO(Plan3!$D$6:D6)+1;"")

Que deve ser aplicada com CRTL+SHIFT+ENTER.

Abraços!

Boa tarde Rafael,

A resposta está na sua explicação. Não está sendo "enxergado" a célula porque está mesclado.

Agora o motivo de algumas "estarem sendo enxergados" (gerundismo na alta... kkkk) é que estão na no topo da mesclagem. Por exemplo:

Células mescladas: de A1 até A5 preenchido com "MEC"
para a fórmula ele identifica da seguinte maneira:
A1 = "MEC"
A2 = ""
A3 = ""
A4 = ""
A5 = ""

Mesmo estando mesclado, pois um valor pode somente ocupar uma única célula, não atribui a todas.

Para tratamento de dados é um tiro no pé mesclar informações. Para relatório tudo bem, mas para isso aí num fica muito bom não.

Porém, diante isso tudo, você ainda quiser tratar as informações dessa maneira, utilize essa fórmula na célula D7:

=SE(E($C7=Plan2!$B$3;SE(A7="";DESLOC($A$6;MÁXIMO(SE($A$6:A7<>"";LIN($A$6:A7))-6);0);A7)=Plan2!$C$3);MÁXIMO(Plan3!$D$6:D6)+1;"")

<Ctrl> + <Shift> + <Enter>

Depois arrasta a fórmula para baixo.

Qualquer coisa da o grito.
Abraço